按数码印刷系统所采用的成像方法物理属性的不同，数码印刷系统的印刷单元可设计成不同的形式。例如静电照相成像数码印刷系统的印刷单元应包括成像准备、成像、输墨、转印、熔化和定影、放电和滚筒表面清洁等部件。以磁成像和离子成为基础的数码印刷系统大多也需要这些部件。热转印、热升华数码印刷系统的印刷单元与静电照相成像数码印刷系统的印刷单元可能有所区别，而喷墨数码印刷系统的印刷单元实际上就是喷嘴系统。
印刷单元是数码印刷系统实现图文转移的关键部分。在某些情况下，单色印刷与多色印刷的区别就在于系统包含的印刷单元的多少。例如包含四个印刷单元的数码印刷系统可实现彩色印刷。
当系统采用的图像载体可重复成像时，则在下一成像开始前必须清理成像表面。例如，采用磁成技术时，成像表面具有记忆能力，转印过程结束后可对成像表面加一反向磁场，恢复前面的成内容，继续新一轮的输墨和转印。
数码印刷机把色粉或油墨转印到纸张上的方式不同，有两种系统结构：单路结构和多路结构。单路结构中每一色版是一个独立的印刷单元，能将所有的颜色一次性转印到承印物上，相当于传统胶印机的多个印刷机座。多路系统只有一个印刷装置，与多个输墨装置配合使用，实现各分色版印刷。采用多路系统结构的数码印刷机只需要一个成像装置。